สำนักงานระบบขนส่ง มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
                 1.  การศึกษา สำรวจ ออกแบบ กำกับ และควบคุมการก่อสร้างระบบขนส่งทางราง จุดเชื่อมต่อการเดินทางของระบบราง
                 2.  ศึกษา และกำหนดมาตรฐานการให้บริการระบบขนส่งทางรางของกรุงเทพมหานคร
                 3.  การพิจารณาอนุญาตให้เอกชนจัดทำทางเดินเชื่อมระหว่างสถานีรถไฟฟ้ากับอาคารหรือทางเชื่อมอาคาร (Sky Walk) หรือสถานที่จอดรถ (Park and Ride)
                 4.  ติดตาม ตรวจสอบ กำกับดูแล และควบคุมการให้บริการระบบขนส่งทางรางของกรุงเทพมหานครให้เป็นไปตามสัญญา และมาตรฐานสากล เพื่อความปลอดภัยของประชาชนผู้ใช้บริการรถไฟฟ้า และประเมินผลการดำเนินการตามมาตรการลดผลกระทบสิ่งแวดล้อมของผู้รับจ้าง และผู้รับสัมปทาน ทั้งระหว่างการก่อสร้าง และหลังการเปิดให้บริการแก่ประชาชนในระบบขนส่งทางรางของกรุงเทพมหานคร
                 5.  ศึกษา สำรวจ ออกแบบ และกำหนดมาตรฐานการให้บริการระบบขนส่งทางบกและทางน้ำของกรุงเทพมหานคร
                 6.  กำกับ ควบคุมการก่อสร้าง และบริหารจัดการระบบขนส่งทางบก และทางน้ำ
                 7.  ศึกษา วิเคราะห์ จัดทำแผนระบบขนส่งมวลชนของกรุงเทพมหานครทั้งระบบขนส่งทางราง ระบบขนส่งทางบกและทางน้ำ
                 8.  ศึกษา วิเคราะห์กำหนดรูปแบบของระบบขนส่งมวลชนเสริมในรูปแบบต่าง ๆ และเสนอรูปแบบ แนวทาง วิธีการลงทุนก่อสร้างในระบบขนส่งต่างๆ
                 9.  ศึกษา วิเคราะห์ กำหนดแผนดำเนินการการพัฒนาระบบขนส่งมวลชนเสริมเพื่อเชื่อมต่อกับระบบขนส่งมวลชนระบบหลัก
                 10. ศึกษา วิเคราะห์ความเป็นไปได้ในการจัดการ การพัฒนา การปรับปรุง และแก้ไขให้ระบบการขนส่งทางบก ทางราง และทางน้ำ มีรายได้ที่เพียงพอในการดำเนินการ รวมทั้งเพื่อหารายได้ให้กรุงเทพมหานคร โดยการให้สิทธิหรือการว่าจ้างหรือวิธีการอื่นใดเพื่อจัดหารายได้ที่ไม่ส่งผลต่อการเดินทางที่สะดวก สบาย และปลอดภัยของประชาชน
                 11.  บริหารจัดการการจัดหารายได้ที่ถูกต้อง เหมาะสม เป็นไปตามกฎหมาย สัญญา และระเบียบคำสั่งที่เกี่ยวข้อง
                 12.  ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
โดยแบ่งงานภายในส่วนราชการ ดังนี้
                   ฝ่ายบริหารงานทั่วไป มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
                              1.  งานสารบรรณและงานบริหารทั่วไป
                              2.  งานการเจ้าหน้าที่และวินัย
                              3.  งานงบประมาณ การเงิน การบัญชี
                              4.  งานการพัสดุ
                              5.  งานประชาสัมพันธ์
                              6.  งานด้านแผนงาน
                              7.  งานด้านอำนวยการและประสานราชการ งานการประชุม งานด้านเลขานุการ
                              8.  งานการควบคุมดูแลสถานที่และยานพาหนะ
                              9.  ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

                   ส่วนระบบขนส่งทางราง มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
                              1.  ศึกษา สำรวจ ออกแบบ กำกับ และควบคุมการก่อสร้างระบบขนส่งทางราง
                              2.  ศึกษา ออกแบบ และควบคุมการก่อสร้างจุดเชื่อมต่อการเดินทางของระบบราง
                              3.  การพิจารณาอนุญาตให้เอกชนจัดทำทางเดินเชื่อมระหว่างสถานีรถไฟฟ้ากับอาคารหรือทางเชื่อมอาคาร (Sky Walk) หรือสถานที่จอดรถ (Park and Ride)
                              4.  ศึกษา และกำหนดมาตรฐานการให้บริการระบบขนส่งทางรางของกรุงเทพมหานคร
                              5.  ติดตาม ตรวจสอบ กำกับดูแล และควบคุมการให้บริการระบบขนส่งทางรางของกรุงเทพมหานครให้เป็นไปตามสัญญาและมาตรฐานสากล เพื่อความปลอดภัยของประชาชนผู้ใช้บริการรถไฟฟ้า
                              6.  ติดตาม ตรวจสอบและประเมินผลการดำเนินการตามมาตรการลดผลกระทบสิ่งแวดล้อมของผู้รับจ้าง และผู้รับสัมปทาน ทั้งระหว่างการก่อสร้างและหลังการเปิดให้บริการแก่ประชาชนในระบบขนส่งทางรางของกรุงเทพมหานคร
                              7.  ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
โดยแบ่งเป็น

                             กลุ่มงานโครงการระบบราง มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
                                        1.  ศึกษา สำรวจ ออกแบบ ระบบขนส่งทางรางของกรุงเทพมหานคร
                                        2.  กำกับ ควบคุมการก่อสร้างระบบขนส่งทางราง เช่น รถไฟฟ้าแบบยกระดับ รถไฟฟ้าใต้ดิน และส่วนต่อขยายรถไฟฟ้า ระบบรถไฟฟ้ารางเบา (Light Rail) ระบบรถไฟฟ้ารางเดี่ยว (Mono Rail) ระบบรถรางไฟฟ้า (Tram) และระบบรถรางอื่น ๆ ในพื้นที่กรุงเทพมหานคร เป็นต้น
                                        3.  ศึกษา ออกแบบ และควบคุมการก่อสร้างจุดเชื่อมต่อการเดินทางระบบราง เช่น ทางเดินยกระดับ (Sky Walk) และสถานที่จอดรถ (Park and Ride) เป็นต้น
                                        4.  การพิจารณาอนุญาตให้เอกชนจัดทำทางเดินเชื่อมระหว่างสถานีรถไฟฟ้ากับอาคารหรือทางเชื่อมอาคาร (Sky Walk) หรือสถานที่จอดรถ (Park and Ride)
                                        5.  ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
                             กลุ่มงานจัดการระบบราง มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
                                        1.  ศึกษา และกำหนดมาตรฐานการให้บริการระบบขนส่งทางรางของกรุงเทพมหานคร
                                        2.  ติดตาม ตรวจสอบ กำกับดูแล และควบคุมการให้บริการระบบขนส่งทางรางของกรุงเทพมหานครให้เป็นไปตามสัญญาและมาตรฐานสากล เพื่อความปลอดภัยของประชาชนผู้ใช้บริการรถไฟฟ้า
                                        3.  ติดตาม ตรวจสอบและประเมินผลการดำเนินการตามมาตรการลดผลกระทบสิ่งแวดล้อมของผู้รับจ้าง และผู้รับสัมปทาน ทั้งระหว่างการก่อสร้างและหลังการเปิดให้บริการแก่ประชาชนในระบบขนส่ง ทางรางของกรุงเทพมหานคร
                                        4.  ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

                   ส่วนระบบขนส่งทางบกและทางน้ำ มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
                              1.  ศึกษา สำรวจ ออกแบบ และกำหนดมาตรฐานการให้บริการระบบขนส่งทางบกและทางน้ำของกรุงเทพมหานคร
                              2.  กำกับ ควบคุมการก่อสร้างระบบขนส่งทางบก
                              3.  กำกับ ควบคุมการก่อสร้าง และบริหารจัดการระบบขนส่งทางน้ำ
                              4.  ศึกษา วิเคราะห์ จัดทำแผนระบบขนส่งมวลชนของกรุงเทพมหานคร ทั้งระบบขนส่งทางราง ระบบขนส่งทางบกและทางน้ำ
                              5.  ศึกษา วิเคราะห์กำหนดรูปแบบของระบบขนส่งมวลชนเสริมในรูปแบบต่างๆ
                              6.  ศึกษา เสนอรูปแบบ แนวทาง วิธีการลงทุกก่อสร้างในระบบขนส่งต่างๆ
                              7.  ศึกษา วิเคราะห์ กำหนดแผนดำเนินการการพัฒนาระบบขนส่งมวลชนเสริม เพื่อเชื่อมต่อกับระบบขนส่งมวลชนระบบหลัก
                              8.  ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
โดยแบ่งเป็น
                              กลุ่มงานพัฒนาระบบโครงข่าย มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
                                        1.  ศึกษา วิเคราะห์ จัดทำแผนระบบขนส่งมวลชนของกรุงเทพมหานคร ทั้งระบบขนส่งทางราง ระบบขนส่งทางบกและทางน้ำ  เพื่อให้เชื่อมต่อเป็นโครงข่ายการเดินทางในพื้นที่กรุงเทพมหานคร
                                        2.  ศึกษา วิเคราะห์กำหนดรูปแบบของระบบขนส่งมวลชนสริมในรูปแบบต่าง ๆ
                                        3.  ศึกษา เสนอรูปแบบ แนวทาง วิธีการลงทุนก่อสร้างในระบบขนส่งต่าง ๆ
                                        4.  ศึกษา วิเคราะห์ กำหนดแผนดำเนินการการพัฒนาระบบขนส่งมวลชนเสริม เพื่อเชื่อมต่อกับระบบขนส่งมวลชนระบบหลัก
                                        5  ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
                             กลุ่มงานระบบขนส่งทางบกและทางน้ำ มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
                                        1.  ศึกษา สำรวจ ออกแบบ และกำหนดมาตรฐานการให้บริการระบบขนส่งทางบก และทางน้ำของกรุงเทพมหานคร
                                        2.  กำกับ ควบคุมการก่อสร้างระบบขนส่งทางบก เช่น รถโดยสารประจำทาง รถตู้มวลชน (Shuttle Bus) รถโดยสารประจำทางด่วนพิเศษ (Bus Rapid Transit) เป็นต้น เพื่อให้ประชาชนสามารถเดินทางได้สะดวกสบายและปลอดภัย
                                        3.  กำกับ ควบคุมการก่อสร้าง การบริหารจัดการระบบขนส่งทางน้ำ เช่น การเดินเรือในคลองภาษีเจริญ และคลองผดุงกรุงเกษม เป็นต้น
                                        4.  ศึกษา สำรวจ ออกแบบ และควบคุมการก่อสร้างสิ่งอำนวยความสะดวกสำหรับการเดินทาง เช่น ศาลาที่พักผู้โดยสารรถประจำทาง สถานที่จอดรถรับจ้าง สถานที่จอดรถ (Park and Ride) เป็นต้น เพื่ออำนวยความสะดวกต่อการเดินทางและการขนส่งในพื้นที่กรุงเทพมหานคร
                                        5.  ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

                  กลุ่มงานบริหารทรัพย์สิน มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
                              1.  ศึกษา วิเคราะห์ความเป็นไปได้ในการจัดการ การพัฒนา การปรับปรุงและแก้ไขให้ระบบการขนส่งทางบก ทางราง และทางน้ำ มีรายได้ที่เพียงพอในการดำเนินการรวมทั้งเพื่อหารายได้ให้กรุงเทพมหานคร โดยไม่ส่งผลต่อการเดินทางที่สะดวก สบาย และปลอดภัยของประชาชน
                              2.  ดำเนินการจัดหารายได้ โดยการให้สิทธิหรือการว่าจ้างหรือวิธีการอื่นใดเพื่อจัดหารายได้ที่ไม่ส่งผลกระทบต่อการเดินทางของประชาชน
                              3.  บริหารจัดการการจัดหารายได้ที่ถูกต้อง เหมาะสม เป็นไปตามกฎหมาย สัญญา และระเบียบคำสั่งที่เกี่ยวข้อง
                              4.  ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย